מורה המורה לר' שם טוב בן יוסף פלקירה נמנה עם ראשוני הפירושים שנכתבו על ספר מורה נבוכים של הרמב"ם. ידיעת הערבית של פלקירה היתה רחבה, והוא העיר הערות רבות על תרגומו הנודע של ר' שמעון אבן תיבון לספר המורה. בזכות ידיעותיו בערבית הכיר פלקירה גם את מקורותיו הפילוסופיים של הרמב"ם וניסה להתחקות אחריהם בחיבורו. המהדורה הביקורתית של מורה המורה מבוססת על כל כתבי היד הנמצאים ברשותנו מן החיבור הזה. היא תועיל לכל החפץ לעמוד על הפירוש החשוב הזה ולחקור את מקורותיו של הנשר הגדול. החיבור מביא את לשון מורה המורה בליווי חילופי נוסח והערות החושפות את מקורותיו הפילוסופיים של פלקירה. מקורות אלה, שהם ברובם המכריע אף מקורותיו של הרמב"ם נבדקים בפירוט במבוא שבראש המהדורה.